合格的微生物肥料有哪些作用？总的来说，微生物肥料是一种综合作用，现已知道的有如下几种作用：
增进土壤肥力
这是微生物肥料的主要功能之一。例如各种自生、联合或共生的（与宿主植物共生时）固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素来源，多种溶解磷、钾的一些微生物肥料，转变为作物能吸收利用的磷、钾化合物，使作物生长环境中营养元素供应增加。一些微生物肥料的应用还增加了土壤中的有机质。促进土壤团粒结构的形成，从而提高土壤肥力。土壤微生物的生命活动与土壤肥力之前的关系是肯定的，最近的研究初步表明，微生物产生的有机酸、酶、荚膜多糖等确实破坏了钾长石的晶格而使可溶钾释放出来。
制造和协助农作物吸收营养
微生物肥料对作物吸收养分的促进作用大致有两个方面的机制，一些微生物，例如AM真菌（丛枝菌根真菌）是一类土壤真菌，可与多种植物根系共生，其菌丝可以伸出作物根部，向外延伸，有效地增加了作物根的吸收面积和吸收能力。现有研究表明 ，AM菌根真菌不仅可增强作物对水分的吸收能力，而且可以增强对矿质营养（如磷、氮、钾以及锌、硫，钼）的吸收和同化。还有研究证明，AM真菌在促进根系对水分的吸收方面显著，表现出抗旱的作用；另一种机制是微生物肥料中的有益微生物通过多种次生代谢产物的作用，促进作物的根系发达，吸收功能增强，使作物生长健壮，营养状况改善，达到增产目的。
促进失衡的土壤微生物区系改善和恢复
有一些跳到黄河洗不清究指出，不合理或不科学的种植模式（如长期、大量过分依赖化肥或者连作）造成土壤微生物区系的失衡，表现为有益细菌类群和数量下降，有害真菌的数量上升，土壤的持续生产能力下降，病害严重。当增施有机肥料、生物肥料后情况得到改善，甚至可获得恢复。
促进作物生产和改善产品品质
近些年有关这方面的报道日渐增多。微生物肥料中的特定微生物的次生代谢产物保生作用明显，在改善农产品品质上表现为蛋白质、糖分、维生素的含量提高，硝酸盐含量下降；在蔬菜、瓜果等作物上体现为风味、口感的改善。对作物产品品质的改善比产量提高的益处更大。
降低作物病（虫）害的发生，增强抗病（虫）害能力
微生物肥料对于减少、降低作物病（虫）害的机制大体上有两个方面：一方面是微生物肥料中的特定微生物可以产生一种或两种抗生素，有的则产生铁载体，将铁鳌合起来，限制了有害微生物的生长、繁殖，有的微生物可控制线虫的危害；另一方面是施用微生物肥料后，其中的微生物在作物根区的大量生长和繁殖，占据病原微生物的生存空间，起到减轻或降低病虫害发生的作用。
对土壤环境（水体）的净化和对有机物料的腐熟
微生物肥料的特定微生物对土壤环境（水体）有明显的净化作用，有的对一些污染物有较强的降解能力。近几年出现的土壤（水体）生物修复剂对降解有机磷农药污染起了很好的作用。众所周知的有机物料腐熟剂对多各有机物料（秸秆、畜禽粪便、生活污泥等）均有良好的腐熟作用，不仅使养分得到转化，而且由于腐熟时产生的高温，能杀死病原微生物、寄生虫卵。
应当指出：微生物肥料的作用是多方面的，它受制于几个方面：
1.微生物肥料的产品必须是合格产品，不合格的产品难以取得预期效果。
2.微生物肥料的施用受体的基本情况应该符合要求
3.对微生物肥料要有正确的使用技术。
只有注意了这些方方面面，才能获得好的效果。此外，对微生物肥料的认识也要客观、公正和科学。化学肥料是我国肥料投入品的主体。
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