农民应用微生物有机肥未获增产或效果不明显的情况经常可以遇到的，也是实际上应该会发生的，因为微生物有机肥不仅在制剂的保鲜受到多种因素的制约，而且在施用微生物有机肥的作物对象和土壤及气候环境中更有多样的因素约束其微生物技术展现效果。
引起微生物有机肥肥效不佳的第一个原因是买到质量不良的微生物有机肥产品，例如制造技术不良或保存不好的产品，其微生物有机肥菌种不对、杂菌数太多、有效菌数不够等。其次，在已确定微生物有机肥的菌种、活菌数量之后，必须注意土壤的周围环境条件，包括土壤温度、水分、通气性、酸碱度、营养条件以及原生活在土壤中的土著微生物的排斥作用等，都必须适合微生物有机肥的微生物存活和发育才能引发微生物的旺盛活动。因为微生物有机肥是活体肥料，主要是依赖大量有益微生物发挥生命活力，在其旺盛的繁殖和新陈代谢情况下，不断进行物质转化而展现其效益，所以在应用微生物有机肥之前，要先检验土壤的环境条件，若有不足时应做好土壤改良，施用后要先做好土壤管理，以确保微生物有机肥施进去的有益菌 能旺盛的繁殖。
再者，施用微生物有机肥的方法要比施用化学肥料和有机质肥料的要求严格，例如
1.买制品出厂新鲜的产品，实时施用，以确保微生物有机肥微生物的纯度、菌数和活性。
2.生物有机肥是可以单独施入土壤中，但是和有机质肥料混合后再使用的效果会更好，因为有机质肥料可提供保水资材和微生物的营养成分，有助于有益微生物在土壤中繁殖。
3.不要和化学肥料混合使用，施用生物有机肥后也不要在短时间内施用化学肥料。一则避免肥料盐溶解时盐度太高杀伤有益微生物，一则避免有益微生物因为肥料盐中已提供其所需的营养元素而不再发挥其固氮、解磷、解钾等功能。
4.微生物有机肥要施用到作物根圈附近，避免离开根系太远而无法帮助根系吸收到营养元素。所以生物有机肥要主要用作基肥使用或用作种子的粉衣剂和幼苗移植时根系的沾粉剂。
5.开瓶或开袋后最好立即用完，如有未用完的微生物有机肥要妥善保存并且一两日内尽快用完。一则是防止杂菌繁殖伤害生物有机肥的有益菌，使其失效；再则是防止生物有机肥中的微生物到处传播，虽然生物有机肥所使用的菌种都要是安全的菌种，但是如果未确实把关，而把大量的微生物，不管是有益菌或有害菌，释放到外界对保持环境生态平衡总是负面的。
6.微生物有机肥要储存在阴凉的地方，避免日光照射，避免高温，避免潮湿，避免堆栈压实不透气，避免沾到酸性或碱性物质，禁忌相当多。
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