生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
生物有机肥的生产工艺主要是其中有机肥从生产原料到半成品的生产工艺。
在生产上主要应用的生产工艺有两种，一种是平面条垛式堆肥工艺，一种是槽式好氧发酵工艺。此外，实验室小规模试制还有采用密封箱/罐式发酵。
1、平面条垛式堆肥工艺。生产流程图：原料处理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂优点：投资小、工艺相对简单缺点：占地面积大、腐熟不彻底、二次污染严重。
2、槽式好氧发酵工艺。生产流程图：原料处理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--检验--包装--出厂优点：腐熟彻底、产品质量高、二次污染小缺点：设备投入大、投资大
生产工艺上有个很重要的点就是加菌，这里加的菌，就是加的有机肥菌种，下面我们再来重点说一下有机肥菌种的一些标准和工艺要求。
有机肥菌种，即生物有机肥菌种，是用来将有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经发酵、除臭和完全腐熟后加工而成有机肥料的菌种。
要求
4.1 菌种
使用的微生物菌种应安全、有效，有明确来源和种名。
4.2 外观（感官）：粉剂产品应松散、无恶臭味；颗粒产品应无明显机械杂质、大小均匀、无腐败味。
4.3 技术指标
生物有机肥产品的各项技术指标应符合表1的要求。
表1 生物有机肥产品技术要求
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项 目 粉 剂 颗 粒
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有效活菌数(cfu) ，亿/g ≥ 0.20 0.20
有机质（以干基计），% ≥ 25.0 25.0
水分，% ≤ 30.0 15.0
pH值 5.5~8.5 5.5~8.5
粪大肠菌群数，个/g(mL) ≤ 100 100
蛔虫卵死亡率，% ≥ 95 95
有效期，月 ≥ 6 6
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4.4 生物有机肥产品中As、Cd、Pb、Cr、Hg含量指标应符合NY/T 798—2004中4.2.3的规定。
4.5 若产品中加入无机养分，应明示产品中总养分含量，以（N P2O5 K2O）总量表示。
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