微生物腐熟剂是有机肥生产中不可缺少的一个微生物菌剂，也是有机肥发酵过程中为了促进有机物料腐熟，加快腐熟的一个生物菌剂。不用的有机物料发酵过程中，所使用的微生物腐熟剂成份上也是有所不同的。汇恩生物的酵素剂，秸秆腐熟剂，以及有机肥发酵菌剂都可用于有机物料的腐熟发酵。
有机物料成份不同，发酵腐熟过程中参与的菌种必然也是不同的，这也就造成了有机肥发酵菌剂的选择上的不同。
有机肥发酵剂是由细菌、放线菌、丝状菌、酵母菌等多种菌株及相关酶类复配而成，好氧发酵、分解纤维素、分解蛋白质能力极强，同时能够迅速达到升温、除臭、除病虫害、杂草种子和富集养分的效果。例如生产以鸡粪为主的有机肥时，常常我们选择的就是这一类有机肥发酵剂。
秸秆腐熟剂由能够强烈分解纤维素、半纤维素、木质素的嗜热、耐热细菌、真菌、放线菌和生物酶组成。在适宜的条件下，能迅速将秸秆堆料中的碳、氮、磷、钾、硫等分解矿化，形成简单有机物，从而进一步分解为作物可吸收的营养成分。同时，一定程度上消灭了秸秆堆料中的病虫害、杂草种子等有害物质。本品无污染，其中所含的一些功能微生物兼有生物菌肥的作用，对作物生长十分有利。当我们生产的有机肥是利用植物残体为主时，这一类有机肥发酵菌剂就成为了不二选择。
如果我们生产中使用的是猪粪类，蛋白含量较高的有机物料，需要选择的有机肥发酵剂就变成了酵素剂。酵素剂是我公司采用特殊的生产工艺，最新研制的一种新型发酵剂。是由光和菌群、乳酸菌群、酵母菌群、革兰氏阳性放线菌群、发酵系的丝状菌群5大类100多种微生物组成的复合菌群。近8年来通过在山东、四川、新疆、河北、江苏、北京等地的示范实验都取得了良好的效果。
有机肥生产如今已成为国家推动的一项惠民事业，也是我国农业生产的百年大计，所以要想生产出更好的有机肥料，在发酵上要根据当地的有机物料选择更合适的微生物腐熟剂已经成为考验有机肥厂的一项有力标准。
