微生物肥料又称生物肥料、接种剂或菌肥，是一种新型的肥料，可以用于浸种、蘸根、混拌底肥，沟施或穴施，越早使用效果越好。
因为微生物肥料是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地温、湿度、光照等等因素的影响，所以在使用方法上有着合理的规范，方法使用对了，效果发挥好，不浪费。
微生物菌肥使用方法
1.育苗时开始使用效果最佳提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物肥料越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物肥料当中含有的有益菌，可以促进土壤当中有益菌的繁殖，并且抑制杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，并且能够改善土壤因长期使用化肥而造成的土壤板结、酸化、盐渍化等一系列土壤性问题。
并且微生物菌肥还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌肥，对作物的病虫害提前预防起到了很好的保护作用，间接地减少了因病虫害而造成的经济损失。
2.定植穴施或沟施穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物肥料为什么穴施效果最佳？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。
3.混拌底肥、有机质旋耕进土下若第一次使用微生物菌肥，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
这是为什么呢？因为长期使用化肥的土壤，比如连作三年以上的土壤，土壤营养平衡一般就会被打破，常年使用的就会发生一系列土壤问题，严重危害了作物的质量和产量。
使用微生物菌肥常见误区
1.为图方便，习惯与化学农药混用，降低活性微生物肥料中含有活菌成分，将微生物肥料与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
2.轻视使用量，用量不足，效果打折扣使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形株成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
3.使用方法和时间掌握不当微生物肥料使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。
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