菌肥又称为生物肥或微生物菌剂，具有生物有机肥改良土壤的功效，并含有多种高浓度高活性的有益微生物菌群。确切地说，生物肥料是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需要的营养元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。菌肥不但含有有机质、氮、磷、钾等作物生长必需的营养成分，还含有大量有益微生物菌，有益菌在土壤中繁殖，能改良土壤、防治病害等。
菌肥和有机肥混合后施用，这些有益生物菌群生长在主体作物的根部，并与主体作物形成共生关系，可以促使作物更好的吸收养分，促进作物的生长发育。
菌肥可以用于浸种、蘸根、混拌底肥，沟施或穴施，越早使用效果越好。
微生物菌肥中的有益微生物菌群能抑制线虫侵染，通过食线虫菌群的大量萌发、繁殖，达到杀死线虫及虫卵的目的，有益微生物菌群能够有效抑制土壤中30余种常见土传病害，同时可分泌大量植物生长调节物质，降低作物的连作障碍。
一是生物激素刺激作物生长多孢菌菌肥中的微生物，无论在其发酵过程（可理解为微生物的自身繁殖过程），还是在土壤的生命活动过程中，均会产生大量赤霉素和细胞激素类等物质，这些物质接触植物根系，会调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。
二是减轻病害有益菌在植物根系大量繁殖，形成优势菌群，就减少了病原的入侵和繁殖机会，减轻作物病害。
三是刺激有机质释放营养通过微生物活动，土壤有机质可不断释放出植物所需的营养元素，达到肥效持久的目的。
四是松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而疏松土壤，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。
1、通过刺激根系的生长和营养成分的吸收，从而促进植物生长，增加作物产量，提高作物品质。
2、通过共生作用激活土壤，产生有机质恢复土壤的自然肥力并能改善土壤板结，增强土壤的保水、保肥能力。
3、生物环保（由有机物质分解而成，不含化学有害物质）。
4、通过有益微生物的天然抗菌性和抗病性来保护植物免受病菌的侵害。
因为微生物肥料是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地温、湿度、光照等等因素的影响，所以在使用方法上有着合理的规范，方法使用对了，效果发挥好，不浪费。
1、育苗时开始使用效果最佳提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干，提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定植繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物肥料越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物肥料当中含有的有益菌，可以促进土壤当中有益菌的繁殖，并且抑制杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，并且能够改善土壤因长期使用化肥而造成的土壤板结、酸化、盐渍化等一系列土壤性问题。
并且微生物菌肥还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌肥，对作物的病虫害提前预防起到了很好的保护作用，间接地减少了因病虫害而造成的经济损失。
2、定植穴施或沟施穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物肥料为什么穴施效果最佳？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。
3、混拌底肥、有机质旋耕进土下若第一次使用微生物菌肥，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
这是为什么呢？因为长期使用化肥的土壤，比如连作三年以上的土壤，土壤营养平衡一般就会被打破，常年使用的就会发生一系列土壤问题，严重危害了作物的质量和产量。
1、微生物肥料避免高温干旱条件下施用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下微生物的生存繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用，要结合盖土浇水等措施，避免对菌的存活造成影响！
2、一些人为图方便，习惯与化学农药混用，这样就降低了菌肥中含有的活菌成分；另外，将微生物菌肥与杀细菌药剂长时间放置在一起，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
3、土壤当中有机质不足时，尽可能先补充有机质再考虑使用菌肥。
4、微生物菌在土壤生长繁殖最快的温度为28-30°，温度太低的时候使用没有效果，在包装中存活的时间不超过18个月！一般存活时间为6-12个月！
5、微生物肥料对土壤环境要求比较严格；施入土壤后，需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般15天后可发挥作用，见到效果，而且长期均衡的共给作物营养，这就是为什么菌肥见效慢的原因。但是有些打着写着菌剂的证，但是里面确是糖蜜＋调节剂＋氮肥的用上5-7天很快也可以出现效果的，它可以生根但是土壤小范围环境改善不了，最终根系也会早衰！后面继续出面根系吸收障碍！
6、不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。
7、微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
1、代理商，零售商接产品一定要考察公司，确定使用原料，看原料发酵设备！没有发酵设备你可以立马走人了，除非你本身就不关心质量，只关注价格！没有发酵翻抛设备，质量为零！
2、作为种植户不要去相信企业的广告，再大的企业，再好看广告，花的钱都是用户出钱的！羊毛不会出在猪身上！
3、味道发臭的不要，摸着袋体温度太高的不要，没有发酵完全，容易在土壤中产生二次发酵，造成烧根，死根，烧苗等危害！
4、用矿泉水瓶灌上水盖好盖子上下晃动，沉淀太多杂质的不好，颜色越深越好，晃动后搁置一定时间颜色变回白色或者浅蓝色的不好！颗粒的可以用外力压碎用水实验！这也是区分煤干石原料的有效方法！好的有机质原料颜色不会变白，棕褐色，褐色，豆油色是较好的有机质！完全发酵好的有机肥菌肥也具有一定的悬浮性！
5、这也是常见的实验办法，用种子或者小苗，用成品有机肥或者菌肥用东西装好，加上水，看看是否生根，这个办法只能验证是否发酵，对于鉴别原料意义不大，煤干石加木薯渣做的同样能生根发芽！
6、这也是最正确的辨别方法，扒根查看根系生长状况，差的有机肥，菌肥几乎不生根或者很弱甚至会烧根使根系发黄发黑，好的有机肥菌肥根系毛细根成团生长！有一些几个月在土壤中还不分解的说明原料，工艺，添加物配比都不科学！
7、就是单一菌种和复合菌种肥料的差别，我们说，不同菌种的功能不一样，所以，只添加一种菌的肥料功能自然比较单一。3种以上多种复合菌相互促进、相互补充，其效果远远大于单一菌种。将不同功能的有益菌组合起来，实现多种功能的相互协同、共同作用，也是一个有技术含量的工作。不是每个含菌的肥都有效果，关键是含了什么样的菌。
都知道菌肥好坏主要看菌肥是否能达到应有效果，但这个效果则需要菌肥的菌活性作为保障，菌肥活性应该如何保存呢？我们来看一看。
1、菌肥是有保质期的
大部分菌肥必须保存在低温（最适温度4℃～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有些菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒温箱内，这类菌肥的有效期通常只有一年。一些芽孢杆菌肥的保质期与生产工艺水平高低有关，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平较高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平低的则不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品及其保存环境。
2、避免误操作导致菌种死亡
微生物菌肥施用过程中应避免阳光直射，蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，采用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，对防治真菌、细菌都有效，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议用菌肥后不要再用农药灌根。
3、创造菌种适繁环境
一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在pH值7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
微生物菌肥中的微生物大多是好气性的，因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
